De Trilaterale Waddenzee Samenwerking (TWSC) werkt samen met tal van stakeholders in het Waddenzeegebied en met externe organisaties zoals UNESCO, IUCN en andere als natuurlijk Werelderfgoed aangewezen gebieden. De onderstaande partnerorganisaties vormen echter de kern van de Samenwerking. Ze geven handen en voeten aan de bescherming van de Waddenzee als leden en adviseurs van de Wadden Sea Board.
Denemarken
Gemeenten: Esbjerg, Fanø, Tønder, Varde
Ondersteunende organisatie: Miliøstyrelsen
Duitsland
Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz
Behörde für Umwelt, Klima, Energie und Agrarwirtschaft Hamburg
Niedersächsisches Ministerium für Umwelt, Energie und Klimaschutz
Ondersteunende organisaties: Nationalparkverwaltung Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer, Nationalparkverwaltung Niedersächsisches Wattenmeer, Nationalparkverwaltung Hamburger Wattenmeer
Nederland
Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit
Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat
Ministerie van Economische Zaken en Klimaat
Regiecollege Waddengebied (RCW)
Provincies: Fryslân, Groningen, Noord Holland
Ondersteunende organisatie: Rijkswaterstaat
NGO's
Wadden Sea Team (currently represented by Danish Ornithological Society, It Fryske Gea & WWF Germany)